Im Jahr 1390 wird das Anwesen der heutigen Hammermühle unter dem Namen „Altenhohenburg” zum ersten Mal urkundlich erwähnt. So hieß die älteste Siedlung, aus der später der heutige Markt Hohenburg entstand. Ursprünglich hatte die Hammermühle nichts mit einem „Hammer” zu tun, sondern war eine einfache Mühle, wurde im Laufe der Zeit aber zum Land- und Hammergut ausgebaut.

Das Anwesen besteht in seiner jetzigen Form seit Anfang des letzten Jahrhunderts. Familie Schaller beschloss, etwas ganz Besonderes aus dem Bio-Bauernhof zu machen und baute im Juli 2005 den Stadel, der zu großen Teilen aus Gesteins­quadern der heutigen Burgruine Hohenburg besteht, zu Café & Taverne und zu einem Hofladen um.